prism组合配对图
软件: prism
GraphPad Prism组合配对图制作指南
组合配对图是科研绘图中常见的数据展示形式，用于对比不同组别的多个变量或配对数据（如实验组vs对照组的重复测量数据）。GraphPad Prism作为专业科学绘图软件，可通过以下步骤高效完成制作：
一、基础组合柱状图（配对分组数据）
适用场景：展示不同分组（如不同光照时间）下的多组配对数据（如空白对照组vs药物组），通过柱状图对比组间差异。
操作步骤：
新建表格：打开GraphPad Prism，选择左侧“Grouped”（分组）模板，根据数据是否有重复值选择对应选项（无重复选第一项，有重复选第二项并输入重复样本数），点击“Create”生成空白表格。
输入数据：表格行代表同一组内的不同处理（如对照组、药物组），列代表分组依据（如24h、48h、72h光照时间）。输入实验数据（支持英文输入）。
生成图形：点击左侧“Graphs”下的数据集（如“Data1”），在弹出的图形类型对话框中选择“Plot summary data”下的“Grouped bar chart”（组合柱状图），点击“OK”生成基础图形。
美化调整：
双击纵坐标标题，修改字体为宋体（避免中文显示乱码）；
双击柱子，在弹出对话框中修改填充颜色（如对照组用蓝色、药物组用红色）和边框颜色；
双击横坐标，调整坐标轴范围、刻度标签（如将“24”“48”“72”改为“24h”“48h”“72h”）。
二、复杂组合图（多图拼接+统计修饰）
适用场景：整合散点图、直方图、柱状图等多种图形类型，展示数据的分布、相关性及组间差异（如基因表达数据的π_poolA/π_poolB比值分布、Fst值对比）。
操作步骤：
绘制主图（散点图）：将XY数据（如π_poolA/π_poolB vs Fst）复制到Prism的XY表格中，点击“Analyze”选择“XY analyses”下的“Scatter plot”，生成散点图。通过“Format Graph”调整点的颜色、大小、透明度，添加趋势线（如线性回归线）及置信区间。
绘制辅助图（直方图/柱状图）：
新建Column型表格，将π_poolA/π_poolB数据复制到表格中，点击“Analyze”选择“Frequency distribution”（频率分布），设置Bin width（如0.01），生成频率分布直方图；
重复上述步骤，将Fst数据生成另一组直方图。
为区分组间差异，可将直方图数据合并到同一表格，通过“Format Graph”添加第二个Y轴（右侧），设置不同颜色（如π_poolA/π_poolB>1.174的组用绿色，<1.174的组用蓝色）。
组合图形：
点击“File”→“Merge”将主图、辅助图所在的工程文件合并为一个项目；
点击“Layouts”→“New Layout”，选择空白模板，将3个图形从左侧导航栏拖入画布；
右键点击“右图”（Fst直方图），选择“Rotate 90° Clockwise”（顺时针旋转90°），调整图形位置使其与主图坐标轴对齐；
使用“Draw”工具（直线/箭头）在主图与辅助图之间绘制虚线，标注关键区域（如π_poolA/π_poolB>1.174且Fst>0.069的高分化区域）；
隐藏主图与辅助图的冗余元素（如主图的辅助线、辅助图的X轴），保持图形简洁。
三、组合图优化技巧
统一风格：所有图形使用相同的颜色方案（如实验组用绿色、对照组用蓝色）、字体（宋体）、坐标轴范围（如X轴统一为0-100），避免视觉混乱。
精准对齐：使用Prism的“Align”工具（点击顶部菜单栏“Arrange”→“Align”），选中需要对齐的图形（如所有图形的顶部），选择“Align Tops”（顶部对齐），确保图形整齐。
导出格式：组合完成后，点击“File”→“Export”，选择EPS或PDF格式（矢量图，可无限放大不失真），满足期刊发表要求。
通过上述步骤，可快速制作出逻辑清晰、视觉专业的组合配对图，有效展示实验数据的组间差异与内在关联。
组合配对图是科研绘图中常见的数据展示形式，用于对比不同组别的多个变量或配对数据（如实验组vs对照组的重复测量数据）。GraphPad Prism作为专业科学绘图软件，可通过以下步骤高效完成制作：
一、基础组合柱状图（配对分组数据）
适用场景：展示不同分组（如不同光照时间）下的多组配对数据（如空白对照组vs药物组），通过柱状图对比组间差异。
操作步骤：
新建表格：打开GraphPad Prism，选择左侧“Grouped”（分组）模板，根据数据是否有重复值选择对应选项（无重复选第一项，有重复选第二项并输入重复样本数），点击“Create”生成空白表格。
输入数据：表格行代表同一组内的不同处理（如对照组、药物组），列代表分组依据（如24h、48h、72h光照时间）。输入实验数据（支持英文输入）。
生成图形：点击左侧“Graphs”下的数据集（如“Data1”），在弹出的图形类型对话框中选择“Plot summary data”下的“Grouped bar chart”（组合柱状图），点击“OK”生成基础图形。
美化调整：
双击纵坐标标题，修改字体为宋体（避免中文显示乱码）；
双击柱子，在弹出对话框中修改填充颜色（如对照组用蓝色、药物组用红色）和边框颜色；
双击横坐标，调整坐标轴范围、刻度标签（如将“24”“48”“72”改为“24h”“48h”“72h”）。
二、复杂组合图（多图拼接+统计修饰）
适用场景：整合散点图、直方图、柱状图等多种图形类型，展示数据的分布、相关性及组间差异（如基因表达数据的π_poolA/π_poolB比值分布、Fst值对比）。
操作步骤：
绘制主图（散点图）：将XY数据（如π_poolA/π_poolB vs Fst）复制到Prism的XY表格中，点击“Analyze”选择“XY analyses”下的“Scatter plot”，生成散点图。通过“Format Graph”调整点的颜色、大小、透明度，添加趋势线（如线性回归线）及置信区间。
绘制辅助图（直方图/柱状图）：
新建Column型表格，将π_poolA/π_poolB数据复制到表格中，点击“Analyze”选择“Frequency distribution”（频率分布），设置Bin width（如0.01），生成频率分布直方图；
重复上述步骤，将Fst数据生成另一组直方图。
为区分组间差异，可将直方图数据合并到同一表格，通过“Format Graph”添加第二个Y轴（右侧），设置不同颜色（如π_poolA/π_poolB>1.174的组用绿色，<1.174的组用蓝色）。
组合图形：
点击“File”→“Merge”将主图、辅助图所在的工程文件合并为一个项目；
点击“Layouts”→“New Layout”，选择空白模板，将3个图形从左侧导航栏拖入画布；
右键点击“右图”（Fst直方图），选择“Rotate 90° Clockwise”（顺时针旋转90°），调整图形位置使其与主图坐标轴对齐；
使用“Draw”工具（直线/箭头）在主图与辅助图之间绘制虚线，标注关键区域（如π_poolA/π_poolB>1.174且Fst>0.069的高分化区域）；
隐藏主图与辅助图的冗余元素（如主图的辅助线、辅助图的X轴），保持图形简洁。
三、组合图优化技巧
统一风格：所有图形使用相同的颜色方案（如实验组用绿色、对照组用蓝色）、字体（宋体）、坐标轴范围（如X轴统一为0-100），避免视觉混乱。
精准对齐：使用Prism的“Align”工具（点击顶部菜单栏“Arrange”→“Align”），选中需要对齐的图形（如所有图形的顶部），选择“Align Tops”（顶部对齐），确保图形整齐。
导出格式：组合完成后，点击“File”→“Export”，选择EPS或PDF格式（矢量图，可无限放大不失真），满足期刊发表要求。
通过上述步骤，可快速制作出逻辑清晰、视觉专业的组合配对图，有效展示实验数据的组间差异与内在关联。
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